Vegetative Merkmale
Die Garten-Senfrauke wächst als einjährige (bis zweijährige) krautige Pflanze und erreicht Wuchshöhen von 15 bis 50 Zentimetern. Der aufrechte Stängel ist meist verzweigt, kantig gestreift und zumindest im unteren Teil rauflaumig, seltener auch nur sehr wenig behaart.
Die Stängelblätter stehen wechselständig und sind deutlich kleiner als die Grundblätter. Der Blattgrund umfasst den Stängel nicht. Die Laubblätter der Garten-Senfrauke sind buchtig fiederteilig und haben auf jeder Seite zwei bis vier Fiederabschnitte, die meist ganzrandig, manchmal aber auch gezähnt sind. Den Abschluss des Blatts bildet ein einzelner, gegenüber den seitlichen deutlich vergrößerter Abschnitt. Die Blätter sind meist kahl, gelegentlich mit einzelnen Haaren auf der Blattoberfläche. Sie entwickeln beim Zerreiben einen intensiven Geruch, der je nach persönlichem Empfinden als „würzig aromatisch“ bis „eigenartig unangenehm“ beschrieben wird.
Generative Merkmale
Die Blüten stehen am Ende des Stängels und ggf. der Seitenzweige in einer lockeren, nicht allzu reichblütigen traubigen Blütenstand. Die Blütenstiele sind 3 bis 8 Millimeter lang und damit deutlich kürzer als der Blütenkelch.
Die Blütezeit reicht vom Mai bis in den Spätsommer. Die zwittrige, vierzählige Blüte ist gut 1 bis 3 Zentimeter lang. Die vier Kelchblätter sind dunkel braunviolett, schmal-eiförmig und haben an ihrem stumpfen Ende einen manchmal doch recht undeutlichen weißen Hautrand. Die vier genagelten Kronblätter sind weiß mit einer gelblichen Tönung und haben deutliche, braunviolette Adern.
Die dem Stängel anliegenden Schoten sind leicht zusammengedrückt, 20 bis 35 Millimeter lang und 3 bis 5 Millimeter dick. An ihrem Ende findet sich ein 5 bis 9 Millimeter langer, abgeflachter Schnabel. Die Samen der Garten-Senfrauke besitzen ein Tausendkorngewicht von 2 Gramm.
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 22.