Ursachen für Gefrierbrand sind vor allem Temperaturschwankungen während des Transports in der gesamten Tiefkühlkette, welche sich kaum vermeiden lassen, oder vorübergehende Ausfälle bei der Kühlung zum Beispiel durch einen unbemerkten Stromausfall. Steigt die Temperatur an einer Stelle an, was auch schon beim Öffnen der Tür zum Kühlraum geschieht, so beginnt Wasser aus oberflächennahen Schichten des Kühlguts sowie ggf. aus Eis auf der Außenseite der Verpackung zu verdunsten. Dieses kondensiert und gefriert bei wieder sinkender Temperatur dann zu Wassertröpfchen und Eiskristallen auf dem Kühlgut und der Verpackung. Dies kann zur Austrocknung der Produkte führen. Häufige Temperaturschwankungen (Ein- und Ausschalten von Kühlaggregaten) und Umlagerung fördern das Risiko eines Gefrierbrands bei Lebensmitteln.
Auch durch Sublimation geht Wasser aus dem Lebensmittel in die umgebende Atmosphäre verloren und das Lebensmittel wird übermäßig trocken. Das Wasser resublimiert an anderen Stellen des Lebensmittels und der Verpackung als schneeartige Kristalle.