Die Wirkung der Bestrahlung beruht auf der Zerstörung des Genoms und damit der Fortpflanzungs- und Überlebensfähigkeit der bestrahlten Organismen. Die hierfür wichtige DNA ist wegen der Größe ihres Moleküls bedeutend strahlenempfindlicher als kleinere Moleküle. Die sonstigen Eigenschaften, die Zusammensetzung und insbesondere die sogenannte Identität (z. B. roh) des Lebensmittels ändern sich deshalb durch die Bestrahlung nicht, anders als bei anderen Konservierungsmethoden.
Von den verschiedenen Arten ionisierender Strahlung kommen Gammastrahlen sowie mit Elektronenbeschleunigern erzeugte Elektronenstrahlen und Bremsstrahlung (Röntgenstrahlung) zur Anwendung.
In Großbestrahlungsanlagen wird meist Gammastrahlung von radioaktivem 60Co eingesetzt; Bremsstrahlung hat etwa dasselbe Durchdringungsverhalten. Es können ganze Paletten auf einmal bestrahlt werden. Bestrahlung mit Elektronen ist dagegen wegen der geringeren Eindringtiefe nur für einzelne Packungen geringer Dicke geeignet.
Die Energie der Strahlung ist nach oben durch Vorschriften beschränkt, um eine Aktivierung der Lebensmittel auszuschließen: bei Elektronen meist auf 10 MeV, bei Photonen meist auf 5 MeV, in den USA 7,5 MeV. Die Energie der häufig verwendeten Photonenstrahlungen von 60Co (1,17 und 1,33 MeV) und von 137Cs (0,66 MeV) ist zu gering, um eine Aktivierung auszulösen. Kobalt-60 wird in Kernreaktoren eigens erzeugt (das anisotope natürliche Kobalt-59 wird durch Neutroneneinfang zum gewünschten Radionuklid) während Caesium-137 als Spaltprodukt aus abgebrannten Brennstoff extrahiert werden kann. In beiden Fällen findet die Erzeugung der Nuklide oft in Forschungsreaktoren statt, jedoch ist gerade im Bereich Kobalt-60 der kanadische Schwerwasserreaktor vom Typ CANDU, welcher hauptsächlich der Erzeugung elektrischer Energie dient, für einen erheblichen Anteil der Weltproduktion verantwortlich.