Der Moschus-Kürbis ist eine einjährige, krautige Pflanze, die kriechend oder kletternd wächst und eine Länge von bis zu 6 Metern erreicht. Die ganze Pflanze ist leicht bis dicht behaart. Die Sprossachsen sind leicht kantig. Die Blattstiele können eine Länge von 30 cm und mehr erreichen. Die Blattspreite ist (20 bis 25) x (25 bis 30) cm groß, breit oval-herzförmig bis fast kreisförmig und weiß gepunktet. Sie ist leicht gelappt mit drei bis fünf ovalen bis dreieckigen Lappen. Der Blattrand ist gezähnt-gesägt.
Blüten
Der Moschus-Kürbis ist einhäusig getrenntgeschlechtig (monözisch). Die Blüten stehen einzeln in Blattachseln. Die männlichen Blüten haben einen 16 bis 18 cm langen Blütenstiel. Die Krone ist 5 – 13,5 cm lang, die Kronzipfel nehmen bis zu einem Drittel der Kronlänge ein.
Die weiblichen Blüten haben einen dicken, 3 bis 8 cm langen Blütenstiel. Der Fruchtknoten ist kugelig, eiförmig, zylindrisch, birnen- oder kegelförmig. Der Kelch ist sehr klein. Ihr Griffel trägt drei gelappte Narben.
Früchte
Die Früchte sind in Form und Farbe sehr variable Panzerbeeren, wobei die Form meist der des Fruchtknotens entspricht. Die Oberfläche ist glatt oder mit Rippen besetzt, selten warzig oder körnig. Die Farbe ist hell- bis dunkelgrün, einfarbig grün oder mit cremefarbenen Flecken oder ganz weiß. Die Rinde ist dick, weich und haltbar. Das Fruchtfleisch ist hell bis kräftig orangefarben bis grünlich. Der Geschmack ist leicht bis sehr süß, das Fleisch ist weich und im Allgemeinen nicht faserig. Die zahlreichen Samen sind oval bis elliptisch, (8 bis 21) x (5 bis 11) mm groß und haben eine gelblich-weiße Oberfläche.
Chromosomenzahl
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 40.
Unterscheidung von anderen Kürbissen
Von anderen kultivierten Kürbissen lässt sich der Moschus-Kürbis dadurch unterscheiden, dass der Fruchtstiel hart ist, runde Kanten hat und sich am Fruchtansatz stark erweitert. Die Sprossachse ist hart und glatt gerillt. Die Blätter sind fast rund bis leicht gelappt und weich. Die Samen sind weiß bis braun, die Oberfläche glatt bis leicht rau, der Rand ist deutlich meist gezackt und dunkler.