Vegetative Merkmale
Der Muskatellersalbei ist eine immergrüne zweijährige bis ausdauernde krautige Pflanze mit pleiokormer Pfahlwurzel. Die Pflanze erreicht Wuchshöhen von 50 bis 110 Zentimetern. Der Stängel wird bis zu einem Zentimeter dick. Im ersten Jahr wird die Blattrosette ausgebildet, im zweiten Jahr entwickelt sich der Blütenstand. Die Spreite der großen Laubblätter ist einfach und herzeiförmig gestaltet sowie grau behaart. Der Blattstiel ist etwa 2 bis 7 Zentimeter lang und kraus behaart. Die Blattspreite ist 7 bis 18 Zentimeter lang und 3 bis 13 Zentimeter breit. Sie ist vorn abgerundet oder kurz zugespitzt, am Rand unregelmäßig gekerbt und auf der Fläche netzig-runzelig. Sie ist beiderseite locker graufilzig oder oberseits verkahlend und dicht mit sitzenden Drüsen besetzt.
Generative Merkmale
Die violett und rosafarbenen Tragblätter der Scheinquirle sind länger als der Kelch. Die Blütenstandsachsen sind mit einfachen Haaren und Drüsenhaaren (Muskatellergeruch) besetzt. Die zwittrigen Blüten sind zygomorph. Sie besitzen 2 bis 3 Millimeter lange zottige Stiele. Der Blütenstand besteht aus zahlreichen Scheinquirlen. Sie sind 4 bis 6-blütig und sind zu einem lockeren bis dichten, 15 bis 40 Zentimeter langen, oft rispig verzweigten Blütenstand vereinigt. Der Kelch ist glockig, etwa 1 Zentimeter lang, am Rand kurz bewimpert, lila, weinrot oder weiß. Die Kelchzähne sind begrannt und stechend. Die Oberlippe des Kelchs wird aus einem sehr kleinen spitzen Mittelzahn und 2 lanzettlichen borstig bis fast stechend begrannten Seitenzähnen gebildet. Die Unterlippe des Kelchs besteht aus zwei 5 bis 7 Millimeter langen und durch eine tiefe, breite Bucht getrennten Zähnen. Die Krone ist 20 bis 28 Millimeter lang, hellblau, rosa oder lila. Die Kronröhre hat innen auf der Bauchseite eine kleine Schuppe. Die Oberlippe der Krone ist leicht sichelförmig und 11 bis 13 Millimeter lang. Sie ist auf der Mittellinie kurz behaart. Die Unterlippe der Krone ist etwa 8 Millimeter lang, hat 2 zugespitzte Seitenlappen und einen vorn verbreiterten und fein gezähnelten Mittellappen. Sie ist gelblich. Die Staubblätter haben nur etwa 2 Millimeter lange Filamente und über einen Zentimeter lange Konnektive. Die Oberschenkel haben 4 Millimeter lange Antheren; die nur 2 Millimeter langen Unterschenkel sind als fast rechteckige, durch stark vortretende Klebkörper miteinander verbundene Löffel ausgebildet. Die Klausen sind eifrömig, stumpf dreikantig und etwa 2 Millimeter lang. Sie sind glatt, einfarbig kastanienbraun oder dunkler marmoriert und verschleimen bei Benetzung. Die Blütezeit reicht von Juni bis Juli.
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 22.
