Es finden sich nur noch einige Perlfischbestände in der Slowakei und in den österreichischen Salzkammergutseen Atter-, Mond- und Wolfgangsee. Im besonders für diesen und die Seelaube erstellten Europaschutzgebiet Mond- und Attersee (Natura 2000) etwa sind sie geschützt. Auf dem Gebiet der Bundesrepublik Deutschland galt er seit Beginn der 1990er Jahre als ausgestorben oder verschollen. Die einzige bundesdeutsche Population im Chiemsee war wahrscheinlich schon erloschen, mittlerweile gibt es aber wieder Bemühungen zur Wiedereinbürgerung.
Der Perlfisch bewohnt tiefe, grundnahe Gewässerschichten. Nur zur Laichzeit sucht er Flachwasserbereiche auf. Die IUCN führt die Art als „gefährdet“, ihr Rückgang ist wahrscheinlich auf die zunehmende Gewässereutrophierung zurückzuführen.