Die Käseherstellung lässt sich im Greyerzerland bis in das Jahr 1115 zurückverfolgen. In einer aus diesem Jahr stammenden Urkunde des ersten Grafen von Greyerz werden Zuwendungen von Käse an die Abtei von Rougemont erwähnt. Es bleibt allerdings offen, welcher Art dieser Käse war.
Der Gebrauch des Namens Gruyère als Bezeichnung für eine Käsesorte, die dem heutigen Gruyère ähnlich gewesen sein dürfte, ist im Jahr 1602 erstmals urkundlich belegt, als die Regierung von Freiburg den Delegierten der französischen Botschaft vierzehn Laibe davon als Geschenk anbot. Gemeint war damit der um das Freiburger Städtchen Greyerz herum hergestellte Käse.
Heute ist die Bezeichnung Le Gruyère als AOP in Europa geschützt. Weltweit ist die Marke Le Gruyère Switzerland geschützt. Das ebenfalls geschützte Signet des Alphornbläsers auf einem angeschnittenen Käselaib gehört der Schweizerischen Eidgenossenschaft und ist weltweit geschützt, obwohl es heute nicht mehr verwendet wird. Le Gruyère AOP darf nur in den Kantonen Freiburg, Waadt, Neuenburg und Jura, den Amtsbezirken von Courtelary, Moutier und La Neuveville sowie einigen bernischen Gemeinden, die an den Kanton Freiburg angrenzen, hergestellt werden. Zudem gibt es eine historisch begründete Ausnahme für 17 bestimmte Käsereien in der Deutschschweiz.
Die «AOP» des Le Gruyère ist in den USA sowie in anderen Staaten nicht anerkannt. Der Name wird daher auch von Produzenten in Ost-Frankreich, siehe Gruyère, hier also ohne den grammatischen Artikel, in Österreich und als «Groviera» von Produzenten in Italien verwendet. In den USA stellt die Firma Roth ebenfalls eine Kopie des Greyerzers her; die Schweizer Grossmolkerei Emmi AG ist an dieser Firma beteiligt. 2021 entschied ein US-Bundesbezirksgericht, dass der Begriff "Gruyère" in den USA eine generische Bezeichnung für eine Käseart und nicht für eine geografische Herkunft sei, und sich daher in den USA nicht als geschützte Herkunftsbezeichnung registrieren lasse. Das US-amerikanische Berufungsgericht für den Vierten Bezirk in Richmond, VA hat dieses erstinstanzliche Urteil zum Entscheid des U.S. Patent and Trademark Office (USPTO) am 3. März 2023 bestätigt.