Weil der Name „Habanero“ so viel wie „aus Havanna stammend“ bedeutet, wird oft irrtümlich angenommen, dass die Habaneros aus Kuba stammen. Dort wurden sie früher auch gehandelt. Recherchen der jüngeren Zeit lassen jedoch vermuten, dass der tatsächliche Ursprung die Halbinsel Yucatán ist. Nach deren Entdeckung durch die Europäer wurde die Habanero rasch über den Globus verbreitet, sodass Taxonomen des 18. Jahrhunderts fälschlicherweise annahmen, ihr Ursprung sei China und sie Capsicum chinense bezeichneten.
Habaneros werden hauptsächlich auf der Halbinsel Yucatán angebaut. Dort findet man vorwiegend orange und gelbe Habaneros. Die roten Varianten stammen meist aus der Karibik. Andere Erzeuger sind Belize, Panama und Costa Rica sowie die Bundesstaaten Texas, Idaho und Kalifornien in den USA.
