Die Herstellung von Apfelkraut ist an den Anbau des Kulturapfels gebunden. Viele Aspekte der Alltagskultur früherer Zeiten erschließen sich nur schwer dem Rückblick, das gilt auch für die Herstellung von Apfelkraut. Soweit anhand historischer Literatur die Geschichte des Apfelkrauts bis in die Antike zurückdatiert wird, ist eine Verwechslung mit der ebenfalls als „Apfelkraut“ bezeichneten Heilpflanze Echte Kamille oder anderen Apfelerzeugnissen nicht ausgeschlossen.
In früheren Zeiten war Apfelkraut eine der wenigen Möglichkeiten, Obst zu konservieren und ein im Winter verfügbares energiereiches Lebensmittel zu erhalten.
Vor der Entwicklung einer industriellen Produktion wurde Apfelkraut in lokalen Krautpressen oder Krautküchen hergestellt. In manchen Obstbauregionen hatte jedes Dorf eine eigene Krautpresse, aber auch die Herstellung im bäuerlichen Haushalt war üblich. Oft war das Krautkochen ein gesellschaftliches Ereignis, zu dem nach der Apfelernte das ganze Dorf zusammenkam. Die Bezeichnung „Krautpresse“ beruht auf einem Schritt der handwerklichen Fertigung, bei dem das mehrere Stunden lang gekochte Obst ausgepresst wird. Der so gewonnene Saft wird gesiebt und weiter eingekocht.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts gab es in Deutschland einen kurzlebigen Versuch, industriell einen süßen Brotaufstrich aus Apfeltrester herzustellen und als Apfelkraut oder bayrisches Apfelkraut zu vermarkten. Anlass für diese Unternehmungen war der Wunsch, für die Verwertung des Abfallprodukts Trester andere Möglichkeiten als die Viehfütterung und die bäuerliche Obstbrennerei zu finden. Die Industrie sah die Möglichkeit, einen preisgünstigeren Rohstoff als frisches Obst in der Produktion einzusetzen, und importierte Trester aus den USA. Dabei wurde zum Süßen Stärkesirup zugegeben. Ein Erfolg blieb aufgrund von Qualitätsmängeln und geringer Akzeptanz bei den Kunden aus.
Mit der Industrialisierung der Obstverarbeitung erlangte die Produktion von Apfelkraut und verwandten Produkten in den Obstbauregionen, vor allem am Niederrhein, eine erhebliche wirtschaftliche Bedeutung als Arbeitgeber und als Abnehmer der bäuerlichen Obsternten.