Das französische baguette bedeutet „kleiner Stock, Stab“. Die Nachsilbe „-ette“ ist ein französisches Diminutiv (wie bei Oper → Operette). Das französische Wort wurde aus gleichbedeutend italienisch bacchetta entlehnt, einer Verkleinerungsform von bacchio („Stock, Stab“), das unter Vermittlung eines vulgärlateinischen baccus aus bacculus auf lateinisch baculum („Stock, Stab“) zurückgeht.
Während der Französischen Revolution erfreuten sich neben den populären Kugelbroten (französisch boules, daher auch französisch boulangerie für die Bäckerei) auch Flöten (französisch flûtes) großer Beliebtheit, die bereits als längliche Vorgängerin anzusehen sind. Eine Entstehungsversion legt im Hinblick auf die Baguette einen Bezug zu Wien nahe. Der Wiener August Zang gründete um 1839 in Paris die „Wiener Bäckerei“ (französisch boulangerie viennoise) in der rue de Richelieu 92. Aus dem Kipferl soll er hier auch das Croissant entwickelt haben, Baguettes verkaufte er ab 1840 als „Wiener Brot“ (französisch pain viennois). Auch dem Ingenieur Fulgence Bienvenüe wird die Erfindung der Baguette zugeschrieben. Eine andere Überlieferung verweist auf einen Polen, der in Paris eine lange Teigführung mit einem speziellen Hefevorteig (französisch poolish) entwickelt hat, die heute noch bei der Baguette-Herstellung Anwendung findet. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts eroberte die Baguette den Pariser Markt, mit Beginn des 20. Jahrhunderts breitete sie sich in allen Städten Frankreichs aus.
Bis 1986 gab es für Baguettes einen Höchstpreis. Im September 1993 verfügte der damalige Premierminister Édouard Balladur in einem Dekret strenge Auflagen für die Herstellung der gesetzlich geschützten „Baguette nach französischer Tradition“ (französisch baguette de tradition française). Diese Baguette darf nur Weizenmehl, Wasser, Salz und Hefe beinhalten und muss am Verkaufsort einer handwerklichen Bäckerei (französisch boulangerie artisanale) hergestellt werden. Solche Bäcker mussten ihren Baguette-Teig wieder selbst herstellen, ohne Zugabe von Lebensmittelzusatzstoffen und chemischen Gärmitteln. Als Zusatzstoffe sind nur Bohnenmehl (< 2 %), Sojamehl (< 0,5 %) und Weizenmalzmehl (< 0,3 %) zugelassen. In Paris wird seit 1994 jährlich der beste Baguette-Bäcker im „Concours de la meilleure baguette de Paris“ ermittelt, der zur Belohnung den Élysée-Palast beliefern darf. Als im April 2008 wegen Knappheit der Weizenpreis stieg, stiegen weltweit auch die Brotpreise. In Frankreich überstieg der Preis für die Baguette die Preisgrenze von 1 Euro, was Proteste auslöste.