Während des Dritten Kreuzzuges eroberte Richard Löwenherz Zypern und heiratete dort Berengaria, die Tochter von Sancho VI von Navarra. Bei der Hochzeit soll Commandaria ausgeschenkt und von Richard ausdrücklich gelobt worden sein. Nach dem Fall Akkos und der Johanniterkommende dort richteten die Johanniter in Kolossi, etwa 20 Kilometer nördlich von Limassol, eine Kommende (frz. commanderie) ein. 1306 gehörte die Burg Kolossi den Tempelrittern, die hier ihr neues Hauptquartier, die Große Kommende einrichteten, die später, nach dem Verbot der Tempelritter und ihrer Enteignung von den Johannitern übernommen wurde. Vom Worte „commanderie“ stammt der Name des Gebietes und des dort hergestellten Weines. Die Johanniter begannen, den Wein in größeren Mengen zu exportieren und an den europäischen Fürstenhöfen bekannt zu machen. Besonders nach Wien wurden jährlich große Mengen geliefert. Vermarktet wurde dieser Wein schon im ausgehenden Mittelalter als Commandaria, womit dieser zypriotische Wein der älteste Markenwein der Welt sein könnte. Das langwährende britische Mandat über Zypern begründete die Beliebtheit dieses Weines in Großbritannien.
Der Wein wurde auch medizinal gebraucht. Gegen Gelbsucht wurden drei Zweige der Mandragora in Commandaria eingeweicht, während man ein spezielles Gebet sprach. Davon trank der Kranke jeden Morgen drei Schluck.