Das natürlich vorkommende Cystin wurde 1810 von William Hyde Wollaston als „cystic oxide“ in Blasensteinen entdeckt, erst 74 Jahre später das monomere Cystein. Die schwefelhaltige Aminosäure findet sich in hoher Konzentration peptidisch gebunden auch in den Zellen des Immunsystems, der Haut und insbesondere den Haaren.
So enthalten Keratine, die Faserproteine der Hornsubstanz, von Haaren, Borsten oder Federn etwa 11 % L-Cystin. Es entsteht durch Ausbildung von Disulfidbrücken zwischen L-Cystein-Seitenketten in verschiedenen Proteinabschnitten. Je stärker ihre Faserkomponenten damit quervernetzt werden, desto steifer werden die Keratinfasern. Das gebundene Cystin wird hier aus den im Polypeptid gebundenen Cystein-Bausteinen gebildet, nicht durch Einbau von freiem Cystin.
Daneben kommen auch Nierensteine vor, die aus L-Cystin bestehen.
Es besteht keine nähere Verwandtschaft zu den giftigen Microcystinen (außer dass diese als cyclische Oligopeptide aus Aminosäuren aufgebaut sind).