Die ersten E-Nummern, zunächst noch unter der Bezeichnung EWG-Nummer zusammengefasst, wurden bereits 1962 mit der Richtlinie 62/2645/EWG für färbende Stoffe eingeführt. Für diese Zusatzstoffe wurden die Nummern E 100 bis E 199 reserviert. Danach wurde 1964 die Richtlinie 64/54/EWG für Konservierungsstoffe mit den Nummern E 2xx verabschiedet. Ihnen folgten 1970 die Richtlinie 70/357/EWG für Antioxidationsmittel (E 3xx) und 1974 die Richtlinie 74/329/EWG für Emulgatoren, Stabilisatoren, Verdickungs- und Geliermittel (E 3xx und E 4xx). Letztere wurde 1995 durch die Richtlinie 95/2/EG über andere Lebensmittelzusatzstoffe als Farbstoffe und Süßungsmittel ersetzt. Zum 20. Januar 2009 trat die Verordnung (EG) Nr. 1333/2008 des Europäischen Parlaments und des Rates vom 16. Dezember 2008 über Lebensmittelzusatzstoffe in Kraft. Diese Verordnung ersetzte die vorherigen europäischen Richtlinien und gilt als EU-Verordnung unmittelbar in allen Mitgliedsstaaten der EU, sodass nationale Regelungen, die dieser Regelung entgegenstehen, nicht länger gültig sind.
Für Futtermittelzusatzstoffe wurde E-Nummern in die Richtlinie 70/524/EWG in den Anhang I aufgenommen. Durch die Richtlinie 96/51/EG wurden die Anhänge I, II und III der Richtlinie 70/524/EWG gestrichen. Die Richtlinie 70/524/EWG wurde aufgehoben und durch die Verordnung (EG) Nr. 1831/2003 sowie Verordnung (EG) Nr. 767/2009 ersetzt. Durch die Verordnung (EG) 767/2009 wurde der Artikel 16 (der Richtlinie 70/524) als letzter noch gültiger Artikel zum 1. September 2009 aufgehoben. Durch die Streichung der Anhänge der Richtlinie 70/524/EWG sind nach einer Übergangszeit alle Zulassungen erloschen, soweit nicht ein neuer Zulassungsantrag erfolgreich gestellt wurde. In Abhängigkeit von der vorherigen Zulassung war für alle Futtermittelzusatzstoffe ein Antrag auf Zulassung spätestens nach 7 Jahren nach Inkrafttreten der Verordnung (EG) Nr. 1831/2003 zu stellen. Neue Zulassungen werden in einem EU-Register aufgeführt und in der Regel nicht mehr unter einer E-Nummer erteilt.