Die Foniohirse ist eine einjährige, aufrechte, krautige Pflanze, die Wuchshöhen von 35 bis 75 Zentimetern erreicht. Sie hat kurze Laubblätter. Die Fingerähren bestehen aus zwei bis fünf schmalen Teilähren, die bis zu 15 Zentimeter lang werden. Die Ährchen sind einblütig. Die Karyopsen sind mit ein bis 1,5 Millimeter sehr klein; die Farbe reicht von weiß über gelblich bis purpurn.
Fonio reift nach verschiedenen Angaben schneller als alle anderen Getreidearten. Manche Varietäten können bereits sechs bis acht Wochen nach der Aussaat geerntet werden. Andere reifen langsamer, üblicherweise in 165 bis 180 Tagen.