Zur Herstellung von Frischkäse (z. B. Quark) werden Milchsäurebakterien sowie meist auch eine geringe Menge Lab oder Lab-Austauschstoffe der erhitzten Milch zugesetzt. Nun beginnt die Dicklegung der Milch. Durch Koagulieren des Caseins wird die so genannte „Gallerte“ (die „Dickete“) ausgefällt. Zuerst wird der Bruch mit einer Käseharfe geschnitten, wodurch es zum Molkenaustritt kommt (Synärese), je kleiner die Bruchkorngröße, desto mehr Molke tritt aus und desto fester wird der Käse. Die Synärese und der Molkenaustritt werden durch das Erwärmen des Quarkbruchs auf 35–55 °C gefördert. Mittels Separatoren (bei Quark), Tüchern oder Sieben (bei Weich- und Hartkäse) wird der Molkenabfluss verstärkt.
Der so gewonnene Magerquark wird nun mit Sahne in gewünschter Fettgehaltstufe angereichert, abschließend passiert um ein gleichmäßiges Gefüge zu erhalten.
Im Gegensatz zum Speisequark, der so gut wie gar nicht reift, bewirken bei Frischkäsesorten Oidien- und Edelschimmelarten sowie Hefen, dass ein leicht säuerlicher Nusskern- oder Champignongeschmack entsteht.
Um körnigen Frischkäse zu erhalten, wird der Käsebruch in Weizenkorngröße geschnitten, erwärmt, gewaschen und mit süßer Sahne und Salz versetzt.