Frucht
Die Früchte sind groß und kugelig bis hochgebaut, ihr Höhe-Breite-Index beträgt 0,88. Ihre Farbe ist sonnig gelb, an der Sonnenseite orangerot bis leuchtend erdbeerrot. Die Lenticellen sind als Rotsterne oder helle Punkte zu erkennen. Der Kelch ist mittelgroß. Der Stiel ist mitteldick und lang. Samen werden unregelmäßig gebildet.
Das Fleisch ist gelblich, locker, kurz und saftig, später wird es weich. Sie sind ab Oktober genießbar. Ihr Geschmack ist süßfruchtig-feinsäuerlich.
In besonders feuchten und ertragreichen Jahren kann die Oberfläche dieser Apfelsorte dunkle Flecken aufweisen. Dabei handelt es sich um sogenannte Jonathan-Spots, die von der Muttersorte Jonathan weitervererbt werden. Eine Beeinträchtigung des Geschmacks tritt nicht ein.
Der Gehalt an Zucker und Säuren ist mittel bis hoch.
Jonagold wird zusammen mit den Apfelsorten Braeburn, Gala, Golden Delicious und Granny Smith im Verhältnis zu anderen Sorten besonders häufig als für Apfelallergiker unverträglich genannt.
Baum
Die Pflanzen haben einen starken und ziemlich schlanken Wuchs. Die Triebe sind meist flach inseriert, es werden viele Langtriebe ausgebildet. Die Blätter sind groß und kahnförmig. Die Sorte blüht spät und lang und ist fruchtbar.
