Besonders Säuglinge und Kleinkinder mit Nahrungsmittelallergien können unter heftigem Erbrechen und Durchfällen leiden, was in weiterer Folge auch die normale Entwicklung (Größenwachstum, Gewichtszunahme) beeinträchtigen kann. Typische Nahrungsmittelallergien im Säuglings- und Kleinkindalter sind Allergien gegen Milch, Eier, Fleisch, Fisch, Nüsse und in zunehmendem Ausmaß Soja. Bei starken Sensibilisierungen kommt es auch zu allergischen Reaktionen auf die Muttermilch, die alle Allergene derjenigen Nahrungsmittel enthalten kann, welche die Mutter zu sich nimmt.
Laut einer Studie werden Nahrungsmittelallergene wie beispielsweise Milchbestandteile, Haselnüsse, Meeresfrüchte, Ovalbumin oder Fischallergene in vitro durch Simulierung der sauren Magenverdauung mit Pepsin innerhalb von wenigen Minuten komplett verdaut, bei pH-Wert-Anhebung allerdings nicht. Daraus folgerten die Forscherinnen, dass Nahrungsmittelallergieprobleme mit einem erhöhten pH-Milieu des Magens in Zusammenhang stehen könnten. Säuglinge hätten erst am Ende des zweiten Lebensjahres Magensäurewerte wie Erwachsene. Auch Personen mit verminderter Magensäuresekretion oder nach Einnahme von Antazida, Sucralfat, H2-Rezeptor-Blockern oder Protonenpumpeninhibitoren haben erhöhte pH-Werte im Magen.
Die optimale Ernährung für Neugeborene ist das ausschließliche Stillen während mindestens der ersten vier Lebensmonate, wobei zu beachten ist, dass Kuhmilch-Allergene und Ei-Allergene [und andere?] über die Muttermilch übertragen werden und die stillende Mutter dann auch diese Risiko-Nahrungsmittel vermeiden sollte. Spätestens ab dem sechsten Lebensmonat sollte mit der Zufütterung begonnen werden. Für die Ernährung von Säuglingen und Kleinkindern, die entweder nicht gestillt werden können und ein erhöhtes Allergie-Risiko haben oder die unter Nahrungsmittelallergien leiden, gibt es eine Reihe von Spezialprodukten. Hypoallergene Formula Nahrung (oder HA-Nahrung) besteht aus stark hydrolysierten Molken- oder Vollmilchproteinen. Hier liegen sämtliche Proteine nur noch in sehr kleinen Bruchstücken vor, die von IgE-Antikörpern nicht mehr erkannt werden können und somit auch keine allergischen Reaktionen mehr auslösen können. Ein Nachteil von hydrolysierten Babynahrungen ist ihr sehr bitterer Geschmack.
Die Möglichkeit, Kuhmilch zu vermeiden, bietet Babynahrung auf Basis von Soja-Proteinen oder auf Basis von Reis-Proteinen. Nahrungen auf Soja-Basis sind jedoch ebenfalls sehr allergisierend und enthalten zusätzlich Phytosterole, die andere unerwünschte Wirkungen haben können. Nahrungen auf Soja-Basis sind deshalb für Säuglinge, insbesondere bei erhöhtem Allergie-Risiko, nicht empfehlenswert, 20–30 % der Säuglinge, die eine Kuhmilchallergie haben, haben gleichzeitig eine Sojamilchunverträglichkeit.
Die meisten Kinder „wachsen“ aus der Nahrungsmittelallergie bis zu ihrem 5. Lebensjahr heraus. Da diese Kinder aber offensichtlich eine Prädisposition für allergische Erkrankungen haben, kann es dann oft zu neuen Sensibilisierungen kommen, zum Beispiel gegen Pollenallergene, die sich dann auch in anderen Krankheitsformen (Asthma bronchiale, allergische Rhinitis) äußern können. Dieses Phänomen wird auch mit allergic march bezeichnet.