Die aus Frankreich stammende Sorte ist eine Kreuzung von der nahezu ausgestorbenen Rebsorte Magdeleine Noire des Charentes und Cabernet Franc.
Erste schriftliche Erwähnung im Bordeaux findet sich im 14. Jahrhundert: Zu jener Zeit wurde der Merlot noch „Crabatut noir“ genannt und galt eher als Sekundärsorte. Eine erste komplette Beschreibung der Sorte wurde von Victor Rendu im Jahr 1857 in seinem Werk Ampélographie française gegeben. Im Jahr 1784 wird die Rebsorte bereits Merlot genannt und galt schon als eine der wichtigsten Sorten des Bordelais. Noch im 19. Jahrhundert ist die Sorte die dominante Sorte des Médocs.
In der Region Venetien, Italien, wird der Merlot ab dem Jahr 1855 unter dem Synonym „Bordò“ erwähnt, und im Schweizer Tessin ist die Präsenz der Sorte seit der Zeit zwischen 1905 und 1910 dokumentiert.
Forscher der University of California in Davis glaubten, dass die Rebsorte in enger Verwandtschaft zum Cabernet Franc steht und ihrerseits eine Vorgängersorte des Carménères ist. Da Carménère- und Merlotweinstöcke sich äußerlich stark ähneln, wurden aus Frankreich importierte Reben in Chile meist in „Mischbeständen“ gepflanzt. Weil die Rebsorte in Frankreich durch die Reblausplage nahezu vollständig verschwand, geriet der Name Carménère Anfang des 20. Jahrhunderts in Vergessenheit. Man hielt die chilenischen Reben fortan wegen ihrer Ähnlichkeit für eine Variante des Merlots. Niemand konnte jedoch den deutlichen Geschmacksunterschied zwischen Merlotweinen aus Chile und denen anderer Länder erklären. Diesen Irrtum konnte der französische Ampelograph Jean-Michel Boursiquot 1994 durch DNS-Analyse endgültig beseitigen.
Die Bezeichnung Merlot kommt vom französischen Wort merle (deutsch Amsel) und soll auf die Vorliebe der Amseln für die rote Rebsorte hinweisen. Der Name kann aber auch eine Anspielung auf die schwarzblaue Färbung der Beeren sein.
Es gibt auch die Mutationen „Merlot Gris“ und „Merlot Rose“ (ca. 1980 in Brasilien entdeckt). Die Rebsorte Merlot Blanc entstand aus einer natürlichen Kreuzung des Merlots mit der Rebsorte Folle Blanche. „Merlot Khorus“ entstand 2002 aus einer Kreuzung von Merlot Noir und Kozma 20-3 an der University in Udine, Institute of Applied Genetics (IGA).
Merlot Noir war Kreuzungspartner bei 51 Neuzüchtungen (Stand 2015): Artzebat, bruni 360, Bruni 452, Karminrot, Cosmo 97, Cosmo 108, Cosmo 109, Cosmo 110, Cosmo 111, Dimitra, Ederena, Evmolpiya, Ferradou, Fertilia, Hongzhilu, Incrocio Terzi 1, Mamaia, Margot, Meichum, Meinongs N, Meiyu, Mendeleum, Mendioberena, Merlan, Merlese, Merlot Blanc, Merlot Kanthus, Merlot Khorus, Meynieu 6-8, morela, Negru de Yaloven, Nigra, Plamennyi, prodest, Proffessor Guzon, Rebo, Rigotti 81-6, Rigotti 95-5, Rigotti 125, Sennen Vesna, VRH 1-11-82, VHR !-28-82, VHR 1-34-82, XIV 11-57, Yama Merlot. Sie wurde auch für Züchtung von Unterlagen verwendet wie Millardet & Grasset 11, 12, 21, 23 und 27.