Die Frage, wann und wo der erste Ouzo gebrannt wurde, ist nicht abschließend geklärt. Der Ouzo entstand wahrscheinlich aus dem Tsipouro bzw. Rakı, der bereits seit dem 15. Jahrhundert sowohl von der griechischen als auch von der türkischen Bevölkerung im Osmanischen Reich gebrannt wurde. Der Ouzo wird nachweislich seit dem 19. Jahrhundert produziert.
Seine Beliebtheit nahm nach dem Griechisch-Türkischen Krieg 1922 zu, da er zu den favorisierten Spirituosen von Griechen aus der Türkei gehörte, vermutlich beeinflussten diese mit eigenen Destillerien die heutige Ouzo-Herstellung.
Besonders viele Ouzo-Destillerien gibt es auf der Insel Lesbos, die ungefähr die Hälfte des gesamten Ouzos produzieren.