Die Pampelmuse ist ein mittelgroßer, immergrüner Baum. Die jungen Zweige sind leicht behaart und rötlich gefärbt. In den Blattachseln befinden sich Dornen. Die Blätter sind im Vergleich zu anderen Zitruspflanzen groß; die Unterseite ist leicht behaart. Der Blattstiel ist verbreitert (geflügelt). Die Blattspitze ist abgerundet, der Blattgrund rund bis herzförmig und mit dem geflügelten Blattstiel überlappend.
Die großen Blüten stehen einzeln oder in ährigen Blütenständen mit bis zu 20 Blüten in den Blattachseln. Die Blütenknospen sind weiß oder rötlich. Die Blüte besteht aus fünf verwachsenen Kelch- und fünf freien Kronblättern. Im Zentrum der Blüte finden sich 20 bis 35 Staubblätter sowie der runde Fruchtknoten. Der Griffel ist deutlich vom Fruchtknoten abgesetzt.
Die Früchte (Hesperidien) sind abgeflacht oder rund bis leicht birnenförmig. Sie sind aus zehn bis 15 Segmenten zusammengesetzt. Die Schale ist dick und außen gelb oder gelb-grün gefärbt. Die zentrale Achse der Frucht ist bei der Reife hohl, auch die Haut (Endokarp), die die einzelnen Segmente umhüllt, ist zur Mitte hin geöffnet. Die äußere Schale lässt sich leicht entfernen, und auch die einzelnen Segmente lassen sich schälen. In den Segmenten befinden sich sogenannte Saftschläuche, die bei der Pampelmuse von recht festen Häutchen umgeben sind und beim Zerlegen der Frucht nicht platzen. Es gibt viele pigmentierte Sorten mit rosa- bis rotfleischigen Früchten, hervorgerufen durch das Carotinoid Lycopin, das sich bei hohen Sommertemperaturen in den Saftschläuchen anreichert. Bei einigen Sorten kann die Frucht bis zu 30 cm im Durchmesser groß werden und ein Gewicht von über zwei Kilogramm erreichen. Die Samen können, je nach Sorte, sehr zahlreich (bis zu 200 pro Frucht) oder gar nicht vorhanden sein. Sie sind groß, unregelmäßig geformt und gefurcht, im Innern weißlich.
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 18.