Im Bereich Fleisch und Fleischwaren umfasst das QS-Prüfsystem Anforderungen an die Landwirtschaft, den Futtermittelsektor, die Schlachtung und Zerlegung, die Verarbeitung, die Logistik sowie den Lebensmittelhandel. Zwei Fachbeiräte (Rind- und Schweinefleisch sowie Geflügel), bestehend aus Experten und Mitgliedern der beteiligten Produktionsbereiche, bestimmen die Kriterien für das Prüfzeichen, formulieren Richtlinien über Prüfung und Überwachung und erstellen die Prüfvorgaben für die Zertifizierungsstellen.
Die Anforderungen im Bereich Obst, Gemüse und Kartoffeln umschließen die Erzeugung, die Bearbeitung, den Großhandel, die Logistik und den Lebensmitteleinzelhandel. Auch hier werden, analog zum Bereich Fleisch und Fleischwaren, sämtliche Prüfkriterien, Richtlinien und Prüfvorgaben von einem Fachbeirat bestimmt.
Die Prüfung wird lückenlos entlang aller Produktionsstufen vom Erzeuger bis zum Handel durchgeführt. Die Prüfergebnisse werden von der QS Qualität und Sicherheit GmbH in einer Datenbank gesammelt. Ziel ist eine durchgängige Rückverfolgbarkeit der Waren vom Lebensmitteleinzelhandel bis hin zum Futtermittellieferanten bzw. Erzeuger.
Das Kontrollsystem umfasst drei Stufen: die betriebliche Eigenkontrolle, die Kontrolle durch unabhängige Experten und die Kontrolle der Kontrolle. Die betriebliche Eigenkontrolle basiert im Wesentlichen auf der laufenden Dokumentation der Betriebsabläufe. Auf der zweiten Stufe wird von neutralen, akkreditierten Kontrollstellen, z. B. der DQS, SGS oder der IFTA AG Berlin, die Einhaltung der Prüfkriterien überprüft. Die Überprüfungen finden risikobasiert und teilweise unangekündigt statt. Mit der "Kontrolle der Kontrolle" prüft die QS Qualität und Sicherheit GmbH oder eine von ihr beauftragte Institution die Arbeit der Kontrollstellen (Zertifizierungsstellen und Labore).
Die Teilnahme am QS-Prüfsystem ist für die Unternehmen freiwillig. Ausländische Unternehmen können nach den in Deutschland festgelegten und für Deutschland gültigen Kriterien teilnehmen. Verstöße innerhalb des Systems ahndet ein interner Sanktionsbeirat.