Die noch grün geernteten Ume-Früchte werden gereinigt und zusammen mit Salz in große Holzbottiche geschichtet. Der Salzgehalt beträgt dabei zwischen 12 und 25 %. Das Einlegen in Salz führt zur Milchsäuregärung, ähnlich der Herstellung von Sauerkraut. Durch das Salz wird den Früchten Wasser entzogen, ein beschwerter, passender Deckel zwingt sie, unterhalb des Flüssigkeitsspiegels zu bleiben, und drückt durch sein Gewicht zusätzlich Wasser aus den Früchten. Gleichzeitig beginnt die erwünschte Milchsäuregärung.
Nach ein bis zwei Monaten Gärung in den Bottichen werden die Früchte je nach Witterung vier bis sieben Tage im Freien getrocknet. Die Früchte sind nun weiß, ein Teil von ihnen wird als Shiroboshi verkauft. Die restlichen Salzfrüchte werden mit Shiso-Blättern in dem Umeboshi-Sud eingeweicht, der während der Milchsäuregärung entsteht. Nach etwa einer Woche werden die Früchte entfernt und zusammen mit Shiso-Blättern in Fässern geschichtet, wo sie noch ein bis zwei Jahre reifen.
Während dieser Zeit nehmen die Umeboshi von den ebenfalls purpurnen Shiso-Blättern ihre charakteristische Farbe auf. Sie sind rot und ziemlich salzig und sauer, weshalb sie nur in kleinen Portionen gegessen werden. Umeboshi werden oft als Beilage zu Reis in einem Bentō verwendet. Die Umeboshi werden auch zu einer Paste (Bainiku) verarbeitet oder mit dem Kern auf Holzkohle geröstet und zu Pulver gemahlen.
