Die Zitwerwurzel ist eine ausdauernde krautige Pflanze. Die duftende Pflanze bildet oberirdische Blattsprosse, die Wuchshöhen von bis 1 Meter erreichen. Es werden unterirdische, große und mehrmals verzweigte Rhizome als Überdauerungsorgane gebildet. Das essbare Rhizom („Wurzelstock“) ist im Inneren weiß und duftet ähnlich wie Ingwer oder Mango; es hat einen sehr bitteren Nachgeschmack.
Der Blütenstand trägt rote und grüne Hochblätter und gelbe Blüten.
Die Chromosomenzahl beträgt 2n = 66.