Ajvar leitet sich vom türkischen Wort khavyar für Kaviar ab, da die klumpige rote Zubereitung an rote Fischeier erinnert. Die Türken hatten während ihrer Herrschaft sowohl die Paprika (Capsicum), als auch die Zubereitungsmethode und die Bezeichnung auf den Balkan mitgebracht.
Besonders etabliert ist Ajvar in den Küchen der Länder des ehemaligen Jugoslawiens, wo er jeweils als nationale Spezialität gilt.
Bezüglich der konkreten Herkunft der Speise gibt es unterschiedliche und umstrittene Theorien. Bekannt ist Ajvar auch in anderen südosteuropäischen Ländern und der Türkei.
1996 scheiterte die slowenische Firma Živilska industrija d.o.o. aus Kamnik bei dem Versuch, den Begriff Ajvar schützen zu lassen, da es sich um einen generischen Begriff handelt. In fast allen Ländern des ehemaligen Jugoslawiens gibt es rund um Ajvar kulturelle und kulinarische Veranstaltungen, teilweise mit Wettbewerbscharakter.