Die Sorte stammt wahrscheinlich aus der Provinz Verona in Venetien.
Die sehr alte Rebsorte wurde bereits im 13. Jahrhundert von Petrus de Crescentiis (1230–1320) erwähnt. Wie bei einigen anderen italienischen Rebsorten wie unter anderem Greco wird ein griechischer Ursprung vermutet, was sich auch durch das Vorkommen auf Sizilien bestätigen würde. Bis heute konnten aber keine genetischen Beziehungen zu griechischen Sorten festgestellt werden.
Garganega gilt im europäischen Genpool als Leitsorte, von der viele andere abstammen. Sie ist identisch mit der auf Sizilien angebauten Grecanico Dorato (Grecanico) und mit der im spanischen Catalunya früher kultivierten Malvasía de Manresa. Direkte Eltern-Nachkommen-Beziehungen gibt es zu den Sorten Albana, Catarratto Bianco, Dorona di Venezia, Malvasia Bianca di Candia, Marzemina Bianca, Montonico Bianco, Mostosa, Trebbiano Toscano und Susumaniello. Weiters besteht eine genetische Nähe zu den Sorten Corvina Veronese, Dindarella, Oseleta und Rondinella. Die Sorte war auch Kreuzungspartner bei den Neuzüchtungen Fedit 51 und Pirovano 91.
Die Sorten Garganega und Grecanico Dorato (ist der Sortenname in Sizilien) sind identisch (siehe Synonyme).