Es handelt sich um einen Käse aus Magerquark, der mit einem Quirl zerkleinert wird und dem Natron und Salz zugesetzt werden. Sein Fettgehalt liegt bei weniger als einem Prozent, sein Eiweißanteil bei 25 Prozent.
Früher wurden die Käse von Hand in runde Laibchen geformt, woher der Name rührt; heute geschieht dies in der Regel mit einer Formmaschine. In einer Schwitzkammer, auch Reiferaum genannt, reifen die weißen Käse zwei Tage bei einer Temperatur von 25 bis 28 °C und 80 Prozent Luftfeuchtigkeit. Zeigt die Haut eine gelbliche Farbe, werden die Laibchen mit Salzlauge besprüht und verpackt. Je nach Sorte kann der Handkäse anschließend mit Rotkulturen (Brevibacterium linens) versetzter Salzlauge erneut besprüht und nochmals zwei Tage in den Reiferaum gelegt werden. Für die Sorte „Hausmacher Art“ ist eine zusätzliche Reife mit Bildung einer weißen Schimmelschicht nötig, verursacht durch Milchschimmel (Geotrichum candidum), der teilweise oder ganz die Oberfläche des Käselaibs bedeckt.
Im Gegensatz zum Mainzer Käse und zum Harzer Käse kann Handkäse nicht nur als Gelbkäse, sondern auch als Edelschimmelkäse hergestellt werden. Dazu reift der Käse bei niedrigeren Temperaturen etwas länger, wodurch z. B. Camembertschimmelkulturen (Penicillium camemberti) produziert werden.
Im Handel gibt es Handkäse mit und ohne Kümmel; er wird schon bei der Herstellung zugegeben.