Holunderöl wird meist durch eine Kaltpressung aus den Samen des Schwarzen Holunders gewonnen. Oft fällt dieses Öl aber auch als Nebenprodukt bei der Holundersaftproduktion an. Denn aus dem bei dieser Produktion zurückbleibenden Trester (Pressrückstand), kann durch Pressen das zu mehr als 10 % enthaltene Öl gewonnen werden.
Die Holundersamen können enzymatisch extrahiert werden, die Früchte werden leicht in Wasser zerdrückt und Pektinase zugegeben, in 2–3 Tage werden die Haut und das Fruchtfleisch der Beeren vollständig abgebaut. Dann können die verbleibenden Samen mit Wasser gespült und getrocknet werden. Wenn Pektinase nicht verfügbar ist, können die reifen Beeren sorgfältig mit Wasser in einem Mixer püriert werden. Dann kann durch ein feines Sieb passiert und gespült werden, um die kleinen Samen vom Mark zu trennen.
