Der Name leitet sich aus dem alten slawischen Wort krupa ‚Gerstenkorn‘ ab. In Polen und in Litauen mindestens seit dem 16. Jahrhundert bekannt, war Krupnik bald vor allem bei der Szlachta der Polnisch-Litauischen Union ein beliebtes Getränk. Es gibt zahlreiche Rezepte in Tagebüchern dieser Zeit.
Krupnik ist auch eine polnische und jiddische Bezeichnung für eine Gersten-Suppe (Graupensuppe).