Der traditionelle Pesto stammt aus Ligurien und wurde dort offenbar Mitte 1863 erstmals wie folgt dokumentiert:
“Prendete uno spicchio d’aglio, basilico (baxaicö) o in mancanza di questo maggiorana e prezzemolo, formaggio olandese e parmigiano grattugiati e mescolati insieme e dei pignoli e pestate il tutto in mortaio con poco burro finchè sia ridotto in pasta. Scioglietelo quindi con olio fine in abbondanza. Con questo battuto si condiscono le lasagne e i gnocchi (troffie), unendovi un po' di acqua calda senza sale per renderlo più liquido.”
„Man nimmt eine Knoblauchzehe, Basilikum (falls nicht vorhanden: Majoran und Petersilie), geriebenen holländischen Käse und Parmesan sowie Pinienkerne und zerreibt alles zusammen mit wenig Butter in einem Mörser, bis ein Brei entstanden ist. Diesen vermischt man anschließend mit reichlich Olivenöl. Mit dieser Mischung werden Lasagne und Gnocchi (Troffie) angerichtet, wobei man etwas heißes, ungesalzenes Wasser dazugibt, um die Mischung flüssiger zu machen.“
Vermutlich geht die Methode der Pestoherstellung auf das römische Moretum, eine kräuterhaltige Käsesoße, zurück.
International bekannt wurde Pesto unter anderem durch einen 1944 veröffentlichten Artikel der New York Times, der die Paste erstmals in den US-Medien erwähnte, und ein 1946 von Angelo Pelligrini im Sunset Magazin veröffentlichtes Rezept. Später warb Frank Sinatra für das Produkt. In Europa machten vor allem die vielen italienischen Auswandererrestaurants Spaghetti al pesto bekannt.