Zur Herstellung von Seitan wird zunächst Weizenmehl mit Wasser zu einem Teig verknetet und nach einer Ruhezeit wiederholt durch Kneten unter Wasser ausgewaschen, wodurch dem Teig nach und nach ein Großteil der Stärke entzogen wird und eine zähe, glutenreiche Masse zurückbleibt. Alternativ zu Weizenmehl kann auch Glutenmehl verwendet werden, bei dem bereits Stärke und Gluten voneinander getrennt wurden, so dass das Auswaschen entfällt. Seine fleischartige Konsistenz und seinen Geschmack erhält Seitan durch Kochen oder Dampfgaren der Rohmasse in einer Marinade, die traditionell aus Sojasauce, Algen und Gewürzen besteht. Anschließend wird es in Scheiben oder Stücke geschnitten und kann dann mariniert oder direkt weiterverwendet, so zum Beispiel gebraten, frittiert oder im Ofen gebacken werden. Seitan kann als Ersatz für Fleisch in vielen Fleischgerichten verwendet, eingelegt und auch eingefroren werden.
Eine japanische Abwandlung des Seitans ist Fu (麩 „Fu“, wörtlich „Gluten“). Fu wird zunächst wie Seitan hergestellt, dann aber geröstet, gedämpft und anschließend getrocknet. Deshalb ist es weniger dicht als Seitan. Vor der Zubereitung wird er in heißem Wasser eingeweicht, anschließend ausgedrückt und kann dann wie Seitan verwendet werden. Wie ein Schwamm nimmt er bei der Zubereitung viel Flüssigkeit auf und vergrößert so sein Volumen.
Im Westen werden heute vor allem vegetarisch-vegane Fleischersatzprodukte industriell aus Seitan hergestellt – so zum Beispiel vegetarische „Würstchen“, „Hackfleisch“, „Gyros“ oder „Schnitzel“.
