Sojaprotein wird aus Sojaextraktionsschrot gewonnen, das bei der Sojaölherstellung anfällt. Für die Nutzung als Nahrung oder in der Tierfütterung, besonders für Monogastrier, ist eine Wärmebehandlung nötig, um den Gehalt an antinutriven Inhaltsstoffen zu reduzieren. Dazu gibt es verschiedene Verfahren, die direkte Hitze, Wasserdampf oder zusätzlich Druck verwenden. Nach der Behandlung kann beispielsweise texturiertes Soja hergestellt werden.
Für die Herstellung von Sojaproteinkonzentraten mit Proteingehalten von ca. 65–72 % werden aus Sojaflocken mittels eines 60-prozentigen Alkohol-Wassergemisches lösliche Anteile (lösliche Kohlenhydrate, Geschmacks- und Aromastoffe) extrahiert, während die schlecht löslichen Proteine zurückbleiben.
Sojaproteinisolate mit bis zu 90 % Protein können in einem zweistufigen Verfahren hergestellt werden. Im ersten Schritt werden lösliche Bestandteile in Wasser in leicht alkalischem Milieu (pH 8–9) abgetrennt. Im zweiten Schritt wird der pH-Wert auf 4,8 (der mittlere isoelektrischer Punkt der Mischung) herabgesetzt und die Proteine damit ausgefällt. Zur Aufarbeitung wird zentrifugiert und der Rückstand gewaschen und getrocknet.