Bis Anfang des 19. Jahrhunderts wurde der Käse traditionell im Emmental aus Rohmilch und in Laiben von 70 bis 120 Kilogramm gekäst. Heute wird Emmentaler in den meisten käseherstellenden Ländern hergestellt.
Seit 1996 werden die Sorten Emmental de Savoie und Emmental français est-central als Produkte mit geschützter geografischer Angabe in der Database of Origin and Registration geführt.
Oft wird erwähnt, die Schweizerische Käseunion habe es verpasst, die Bezeichnung Emmentaler schützen zu lassen. Zu beachten ist, dass die Grundlage für den Markenschutz in Europa 1882 gelegt wurde – Emmentaler wurde jedoch schon damals ausserhalb der Schweiz produziert. Die Käseunion wurde erst 1920 gegründet. Damalige Anstrengungen, den Namen zu schützen, verliefen offenbar erfolglos. Heute wird die Bezeichnung Emmentaler oder Emmental weltweit für verschiedene Käse verwendet, die sich – abgesehen von den Löchern – zum Teil vom Original stark unterscheiden.
Ein Antrag des schweizerischen Bundesamtes für Landwirtschaft von 2004, die Bezeichnung «Emmentaler» als Herkunftsbezeichnung zu schützen, erntete Einsprüche von Frankreich bis Finnland, doch entschied das Schweizerische Bundesgericht im Herbst 2006, dass der Emmentaler als AOC – heute AOP – (als geschützte Ursprungsbezeichnung) eingetragen wird. Von 2010 bis 2017 lief ein Projekt der EU-Kommission, in welchem die Vermarktung und der Absatz des «Allgäuer Emmentalers» unter dem Begriff Weltgenusserbe Bayern gefördert wurde.
Durch seine grossen Löcher hat dieser Käse Eingang gefunden in Redewendungen wie «löchrig wie Emmentaler» oder «löchrig wie Schweizer Käse», was beispielsweise bedeutet, dass eine Regelung oder eine Absperrung aufgrund zahlreicher Ausnahmen bzw. Lücken untauglich ist.