Die Herkunft des Wortes Marzipan ist umstritten. Sicher ist nur, dass das Wort im 16. Jahrhundert aus dem italienischen marzapane entlehnt wurde. Zur weiteren Etymologie gab und gibt es zahlreiche Spekulationen und Hypothesen, darunter Herleitungen aus dem lateinischen Marci panis („Markusbrot“), dem persischen marzbān oder märzäpan („Markgraf“ – vgl. auch den arabischen Eigennamen Mortaza) oder dem griechischen maza oder massa („Mehlbrei“). In Spanien weist der Volksmund auf den Anblick der Grundmasse zur Herstellung des Turron de Jijona und Mazapán als Masa de Pan, mithin auf einen Brotteig.
Einer 1904 publizierten Theorie zufolge leitet sich marzapane aus dem venezianischen matapan ab, einer venezianischen Münze, die erstmals 1193 geprägt wurde. Ihre Bezeichnung soll sich vom arabischen mautaban nach dem Verb wataba („stillsitzen“) ableiten, was „einer, der seinen Platz nicht verlässt“ bedeutet. Dies soll wiederum zur Zeit der Kreuzzüge zum einen der Spottname für einen König gewesen sein, der untätig auf seinem Thron saß und seine Feinde nicht bekriegte, zum anderen auch für eine byzantinische Münze, die auf einer Seite eine auf dem Thron sitzende Christusgestalt zeigte. Diese Theorie stützt sich auf das nur in einer einzigen syrischen Quelle überlieferte nachklassisch-lateinische Wort marzapanus, das dort eine Zehntsteuer bezeichnet. Auf der Insel Zypern habe es demnach ganz speziell eine Schachtel bezeichnet, die den zehnten Teil eines Malters (altes Getreidemaß) beinhaltete. Im 14. Jahrhundert schließlich sei der Name nicht mehr für die Schachtel, sondern für den Inhalt, Marzipan, verwendet worden. Aus phonetischen Gründen ist diese Theorie jedoch problematisch, auch erscheint der Bedeutungswandel recht unwahrscheinlich.
Einer anderen Theorie zufolge leitet sich marzapane vielmehr letztlich von der birmanischen Stadt Martaban ab, die für dort hergestellte Keramiktöpfe bekannt war und ist, in denen verschiedene Gewürzwaren und Süßigkeiten aufbewahrt und verkauft wurden. Im Persischen, Arabischen und Urdu wurde das Toponym martaban zum Begriff für Krüge und wurde im Spätmittelalter in dieser und ähnlichen Bedeutungen in verschiedene romanische Sprachen entlehnt; eine Bedeutungsübertragung vom Gefäß auf den Inhalt käme so als Erklärung für den Namen der Süßigkeit in Betracht.