Nach der ursprünglichen Rezeptur besteht Pumpernickel ausschließlich aus Schrot und vollen Körnern von Roggen. Die vollen Körner quellen über Nacht in lauwarmem Wasser (Quellstück) oder für einige Stunden in heißem Wasser (Brühstück) auf. Dies ist erforderlich, damit die dichten Körner backfähig werden.
In spezialisierten Betrieben wird Pumpernickel nach knapper Gare in geschlossenen Kästen in Dampfbackkammern gegeben und durch Wasserdampf bei ca. 100 °C mindestens 16 Stunden lang gebacken.
Nach den Leitsätzen für Brot und Kleingebäck des Deutschen Lebensmittelbuches gilt:
- Pumpernickel wird aus mindestens 90 Prozent Roggenbackschrot oder Roggenvollkornschrot hergestellt.
- Wird Pumpernickel aus Vollkornschrot hergestellt, so stammt die zugesetzte Säuremenge zu mindestens zwei Dritteln aus Sauerteig.
- Die Backzeit muss mindestens 16 Stunden betragen.