Bereits Mitte des 19. Jahrhunderts wies der Londoner Arzt Henry Salter darauf hin, dass Kaffeegenuss bei Asthmaanfällen zur Besserung führe. Albrecht Kossel gelang 1888 erstmals die Isolierung von Theophyllin und er gab der Substanz auch ihren heutigen Namen. Bereits sieben Jahre nach seiner Entdeckung gelang Emil Fischer und Lorenz Ach die synthetische Herstellung, ausgehend von 1,3-Dimethylharnsäure. Theophyllin war somit das erste Purinalkaloid, das künstlich hergestellt werden konnte. Im Jahr 1900 beschrieb Wilhelm Traube mit der Traube-Synthese einen chemischen Syntheseweg, der bis heute Anwendung findet.
Nach der Entdeckung der Reinsubstanz und der Erstbeschreibung seines als Aminophyllin bezeichneten Ethylendiaminsalzes wurde es zunächst als harntreibendes Mittel (Diuretikum) eingesetzt. 1912 wiesen Jakob Pál und Paul Trendelenburg unabhängig voneinander nach, dass Xanthine wie Coffein und Theophyllin auf die glatte Muskulatur erschlaffend wirken. Hans Guggenheimer führte 1921 Theophyllin in die Therapie der Angina Pectoris ein. 1922 etablierte S. R. Hirsch Methylxanthine wie Theophyllin in der Asthmatherapie. Als ein wichtiges Element seines Wirkmechanismus entdeckten 1957 Mitarbeiter der Firma Hoechst die antagonistische Wirkung an Adenosinrezeptoren. Die Entwicklung von Theophyllinpräparaten mit verzögerter Wirkstofffreisetzung ermöglichte in den 1970er Jahren eine zufriedenstellende Dauerbehandlung von Asthmatikern. Mit der Einführung von Glucocorticoiden und Beta-Sympathomimetika zur Inhalation verlor Theophyllin wenig später wieder an Bedeutung.