Annato wurde bei den Mayas als Würz- und Färbemittel als Textil- und Körperfarbe verwendet, außerdem bei religiösen Riten, bei denen sie mit dem Regen assoziiert wurden. Die Samen wurden ebenfalls als Währung genutzt.
Bei indigenen Völkern wird der Samen für medizinische Zwecke eingesetzt, beispielsweise als Aphrodisiakum, Sonnencreme und Insektenschutzmittel oder als verdauungsfördernde Arznei. Die harten Samen werden entweder mit heißem Wasser behandelt, um die Inhaltsstoffe zu lösen, oder mehrmals gemahlen.
In Brasilien wird Annatto zum Färben und Würzen von Fleisch- und Fischgerichten verwendet.