Der Fontina hat seinen Namen von der zur Gemeinde Quart gehörenden Alm Fontin im Aostatal in den italienischen Alpen in der Nähe des Mont Blanc und der italienisch-französischen Grenze. Er ist seit 1717 unter dem Namen fontine schriftlich nachgewiesen (Ausgabenregister des Hospiz auf dem Grossen St. Bernhard), hat aber eine noch weiter zurückreichende Tradition. Im Aostatal herrscht im Sommer wegen der von den Bergen gebildeten Barriere ein trockenes Klima, deshalb gedeiht hier eine reichhaltige Gebirgsflora, die beste Bedingungen für die Milchwirtschaft bietet.
Nach der DOP-Ernennung 1955 wurde 1957 die Cooperativa Produttori Latte e Fontina (Genossenschaft der Milch- und Fontinaerzeuger) von 46 Gründungsmitgliedern ins Leben gerufen, um Hersteller (meist Inhaber kleiner landwirtschaftlicher Betriebe) wie Verbraucher zu schützen und Imitationen zu verhindern. Die Genossenschaft überwacht die Herstellung und Vermarktung des Käses. Heute gibt es (Einzelbetriebe, genossenschaftliche Käsereien und Molkereien) rund 200 Fontinaproduzenten (Stand: August 2016), die pro Jahr insgesamt eine Menge von etwa 300.000 Laibe erzeugen. Nach der Qualitätsprüfung erteilt das Consorzio Produttori Fontina die Genehmigung zum Gebrauch des Markenzeichens, das auf jedem Käse als Qualitätssiegel angebracht wird.