Die Gartenerdbeere entstand im 18. Jahrhundert in Europa aus der zufälligen Kreuzung der beiden amerikanischen Erdbeerarten Fragaria chiloensis (Chile-Erdbeere) und Fragaria virginiana (Scharlacherdbeere). Sie ist genau wie ihre Stammarten oktoploid (8n=56). Der Chromosomensatz hat die Zusammensetzung AAA'A'BBB'B', wobei die A-Chromosomensätze den Chromosomensätzen der Walderdbeere (Fragaria vesca) ähneln und die B-Chromosomensätze Verwandtschaft mit der Fragaria iinumae erkennen lassen. Wann und wo die Oktoploidie der Ausgangsarten entstand, ist unbekannt.
Aus der Urform der Gartenerdbeere wurden viele Sorten gezüchtet. Die Art wurde auch zu weiteren Artkreuzungen verwendet. Fragaria × vescana ist eine Kreuzung der oktoploiden Gartenerdbeere mit einer Walderdbeere (Fragaria vesca) mit verdoppeltem Chromosomensatz. Die resultierende Arthybride hat zehn Chromosomensätze (dekaploid).