Vegetative Merkmale
Das Sommer-Bohnenkraut ist eine buschig verzweigte, einjährige, krautige Pflanze. Es wird eine starke Hauptwurzel gebildet. Die oberirdischen Pflanzenteile sind feinflaumig behaart. Die aufrechten, vierkantigen, violett überlaufenen, in den unteren Partien verholzenden Stängel sind bis 30 Zentimeter lang, bei manchen Sorten bis 60 Zentimeter. Die Laubblätter sind sitzend. Die einfache Blattspreite ist bei einer Länge von bis zu 4 Zentimetern sowie einer Breite von etwa 0,5 Zentimetern linealisch bis lanzettlich, spitz zulaufend, ganzrandig und dunkelgrün, gelegentlich violett überhaucht, schwach behaart mit gewimpertem Rand und Öldrüsen.
Generative Merkmale
Die Blütezeit reicht von Juli bis Oktober. Der aufrechte, traubige Blütenstand ist aus isolierten Scheinquirlen von jeweils zwei bis fünf (meist fünf) Blüten in den oberen Blattachseln zusammengesetzt. Die Tragblätter sind länger als die Blüten. Neben Pflanzenexemplaren mit zwittrigen gibt es auch welche mit rein weiblichen Blüten (Gynodiözie).
Die Blüten sind zygomorph und fünfzählig mit doppelter Blütenhülle. Der 3 bis 4 Millimeter lange, feinflaumig behaarte Kelch ist fast gleichmäßig fünfzähnig. Die fünf weißen, blass-rosafarbenen bis hellvioletten Kronblätter sind verwachsen. Die zweilappige Krone ist im Schlund kahl und rot punktiert. Die Kronoberlippe ist einfach und fast flach. Die Kronunterlippe ist dreigelappig mit vergrößertem Mittellappen. Die vier Staubblätter sind in der Krone eingeschlossen, die beiden oberen sind kürzer als die seitlichen.
Die Klausenfrucht zerfällt in vier Klausen. Die dunkelbraunen Klausen sind bei einer Länge von 1 bis 1,5 Millimetern rundlich bis eiförmig. Das Tausendkorngewicht beträgt 0,5 bis 0,8 g.
Chromosomensatz
Die Chromosomengrundzahl ist x = 24; es liegt Diploidie mit einer Chromosomenzahl von 2n = 48 vor.