Als früheste Erwähnungen des Begriffs wäyen führt das Schweizerische Idiotikon Belege aus der Mitte des 16. Jahrhunderts an, nämlich aus einem 1551 verfassten Protokoll des Zürcher Chorgerichts sowie aus den beiden ebenfalls um diese Zeit in Zürich erschienenen Wörterbüchern von Johannes Fries und Josua Maaler. Gemäss dem Volkskundler Albert Spycher ist die Wähe in der Hausbäckerei entstanden, indem Teigreste verwendet wurden, die beim Brotbacken in der Teigschüssel blieben. Man «wallte (…) die so gewonnenen Brotteigreste zu dünnen Fladen und drückte den Teigrand zu einem Wulst zusammen, damit der Belag nicht auslaufen konnte». Belegt wurden sie dann mit denjenigen Zutaten, die gerade im Haushalt aufzufinden waren. Es kamen Früchte wie Gemüse in Frage und deshalb lässt sich die Geschichte der salzigen und der süssen Wähe nicht trennen.
Die Wähen blieben kein Arme-Leute-Essen, sondern fanden ihren Weg auch in die bürgerliche Küche. Es findet sich beispielsweise ein Rezept einer Apfel Dünne im bürgerlichen Kochbuch der Catharina Fehr. Das Rezept beschrieb die Zubereitung aus einem Butterteig, geschnittenen Äpfeln und einem Guss aus Mehl, Wein, Eier, Zucker und Rosinen. Seit dem 19. Jahrhundert werden Wähen auch in gewerblichen Bäckereien zubereitet.
In den katholischen und gemischt katholisch-reformierten Teilen der Schweiz, besonders im Osten, war die Wähe ursprünglich eine Fastenspeise, in den protestantischen Gegenden dagegen eine Festspeise. Die Wähe war in einigen Regionen (besonders Waadtland, Freiburg, Innerschweiz, Aargau, Zürich, Toggenburg) auch eine typische Freitagsspeise, da am Freitag kein Fleisch gegessen werden durfte oder wurde. Durch diese Tradition gibt es heute immer noch viele Bäckereien, die nur freitags Wähen im Sortiment führen. In den Bergregionen kennt man die Wähe erst seit dem frühen 20. Jahrhundert. Der Grund war vermutlich, dass es für die Wähe einen Backofen brauchte, der in den alpinen Regionen sehr selten war. In den Alpenregionen wurden durch die vorherrschende Milchproduktion und Viehwirtschaft vor allem Käse- oder Rahmwähen zubereitet. Früchtewähen waren vorwiegend in den Obstbaugebieten der ländlichen Regionen bekannt. Heute werden in allen Regionen sowohl süsse wie auch salzige Wähen gebacken.