Benzylacetat kommt unter anderem in Früchten vor, beispielsweise in Zucker- und Cantaloupe-Melonen, Garten- und Walderdbeeren, Passionsfrucht, Pfirsich und Eugenia pyriformis (Gattung Kirschmyrten). Außerdem kommt es in diversen Blüten und Blütenölen vor, beispielsweise Apfelblüten, Seerosen, Ylang-Ylang und mehrere Arten der Gattung Jasmin (Echter Jasmin über 20 %; Arabischer Jasmin und Jasminum grandiflorum) vor. Auch in Wein wurde Benzylacetat nachgewiesen. Es kommt in den Duftstoffen diverser Orchideen vor, zum Beispiel zu über 50 % der flüchtigen Verbindungen in verschiedenen Arten der Gattung Stanhopea. Auch in der Gattung Cycnoches ist es eine wichtige Komponente, während es in geringerer Menge in Arten der Gattung Catasetum vorkommt. Es ist außerdemin Spathiphyllum canaefolium (Gattung Spathiphyllum), sowie in einigen Pilzen (z. B. Zucht-Champignons) enthalten.
Bestimmte Pilze befallen Kreuzblütler und bilden dann ein blütenähnliches Gebilde, das durch flüchtige Verbindungen Insekten anlockt, die bei der Verbreitung des Pilzes helfen. Zu den Verbindungen, die bei einem Befall mit Puccinia consimilus nachgewiesen wurden, gehört auch Benzylacetat. Buchdrucker (Ips typographus) werden durch flüchtige Verbindungen zu Holz-Nahrungsquellen gelockt, die von symbiotischen Pilzen bewohnt sind. Auch zu diesen flüchtigen Verbindungen gehört Benzylacetat.