Shōchū kann aus Reis (米焼酎, kome shōchū) hergestellt werden, üblicher ist jedoch Gerste (麦焼酎, mugi shōchū), Süßkartoffel (芋焼酎, imojōchū) oder Zuckerrohr (黒糖焼酎, kokutō shōchū). Ungewöhnlichere Grundstoffe sind Soba (Buchweizen), Edelkastanie (栗焼酎, kuri shōchū) und Milch (牛乳焼酎, gyūnyū shōchū). Die Stärkequelle wird nach Zusatz von Schimmelpilzen (Kōji) über mehrere Wochen fermentiert. Bei der Fermentation wird ein spezieller weißer Kōji verwendet (Aspergillus kawachii), im Gegensatz dazu wird ein schwarzer Kōji (Aspergillus awamori) für Awamori, eine ähnliche Spirituose aus Okinawa, verwendet. Danach wird destilliert und das Getränk für einige Monate gelagert, bevor es auf den Markt kommt.
Der destillierte Shōchū ist nicht zu verwechseln mit Sake, einem ebenfalls unter Einsatz von Kōji hergestellten, aber nicht destillierten Reiswein. Jedoch bedeutet Sake im Süden von Kyūshū Kartoffel-Shōchū (Imojōchū), sowie auf Okinawa Thai-Reis-Shōchū, (awamori, wörtlich: „Schaumkrone“) und kūsu (wörtlich: „altes Getränk“).