Sojajoghurt wird ähnlich wie Kuhmilchjoghurt durch Fermentierung hergestellt. Man versetzt Sojamilch mit Milchsäurebakterien, meist Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus und Streptococcus salivarius subsp. thermophilus, wodurch die Sojamilch gerinnt und ein stichfestes joghurtähnliches Produkt mit leicht säuerlichem Geschmack entsteht. Die Konsistenz ist etwas weicher als bei Kuhmilchjoghurt, weshalb manchmal noch Verdickungsmittel zugegeben werden.
Wie bei Joghurt ist auch eine Herstellung zu Hause möglich – durch Zugabe von Joghurtferment oder bereits fertigem Sojajoghurt zu körperwarm erwärmter Sojamilch in einem Joghurtgerät. Dadurch entsteht nach einigen Stunden Fermentation Sojajoghurt. Die Prozedur kann beliebig oft wiederholt werden. Festerer Sojajoghurt kann hergestellt werden, indem man vor der Fermentierung Zucker zur Sojamilch hinzufügt (maximal 10 g auf 1 Liter Sojamilch). Sojamilch enthält naturgegeben kaum Zucker, Kuhmilch hingegen ungefähr 5 %. Zucker dient als "Nahrung" für die Milchsäurebakterien und fördert so die Fermentierung. Der erhaltene Sojajoghurt wird dadurch geschmacklich intensiver gesäuert.
