Los análisis basados en múltiples haplotipos proporcionan información genética y evolutiva sobre el peso y la composición de los frutos del tomate
Cómo se puede mejorar significativamente la investigación genética y evolutiva utilizando los haplotipos
Hasta la fecha, la mayor parte de las asociaciones entre marcadores y rasgos se han revelado utilizando QTL y estudios de asociación de todo el genoma (GWAS), lo que demuestra tanto sus éxitos como sus limitaciones. Los haplotipos son las combinaciones particulares de alelos/marcadores que se observan en un segmento cromosómico en una población determinada, y permiten probar los efectos de la interacción alélica múltiple. Los haplotipos también pueden aumentar la potencia estadística de los GWAS al reducir el número de pruebas en comparación con el uso de todos los SNP. Es más probable que los alelos del mismo bloque de haplotipos se hereden juntos y que compartan una frecuencia alélica menor (MAF) similar. Los análisis basados en el haplotipo examinan grupos de SNPs simultáneamente en lugar de SNPs individuales, aumentando así el poder de detección estadística para muchos aspectos de la genética poblacional y cuantitativa, incluyendo la identificación de señales de selección positiva reciente y la realización de GWAS, respectivamente. La cartografía de asociación de haplotipos tiene en cuenta no sólo la heterogeneidad alélica, sino también las posibles interacciones estadísticas entre marcadores cercanos, lo que la hace más potente que el análisis de marcadores individuales y múltiples.
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Recientemente, científicos del Centro de Investigación PACA del INRA, en Francia, utilizaron un enfoque innovador para comprender mejor la arquitectura genética de los rasgos de calidad del fruto del tomate y probar el potencial de los enfoques basados en el haplotipo para los estudios de asociación y predicción genómica. Se estudió una colección básica de accesiones de tomate y se genotipó con marcadores SNP. Se describió la arquitectura de los haplotipos del genoma del tomate y se utilizó para (1) profundizar en nuestra comprensión de su historia reciente de mejora, (2) probar el potencial de los haplotipos para la detección de nuevas regiones candidatas a QTL, y (3) predecir fenotipos en el contexto de la selección genómica. Se realizaron varios análisis basados en los haplotipos para demostrar las múltiples ventajas de utilizarlos en los análisis genéticos. Esta investigación se publicó en Horticulture Research.
"Demostramos las ventajas de los haplotipos frente a los SNP en muchos aspectos, como la identificación de asociaciones entre marcadores y rasgos, la revelación de los patrones de bifurcación de los haplotipos cerca de los SNP más significativamente asociados, la explicación de una mayor heredabilidad perdida y el aumento de la precisión de la predicción genómica", dijo el profesor Causse. Estos resultados serán sin duda útiles para los mejoradores e investigadores que se centran no sólo en el tomate, sino también en otros cultivos agronómicos".
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