Der Niederländische Chemiker Herman Boerhaave entdeckte 1727 bei der Untersuchung von Urin den Harnstoff, den er sal nativus urinae nannte, „natürliches Salz des Harns“. Hilaire-Marin Rouelle gelang 1773 ebenfalls die Gewinnung von Harnstoff mit einer alkoholischen Fällung aus Urinrückständen. 1797 zeigte William Cruickshank, dass im Urin eine kristallisierbare Substanz vorhanden ist, die durch Salpetersäure gefällt werden kann. Damit hatte er den Harnstoff dargestellt. Louis-Nicolas Vauquelin wies (mit seinem Doktorvater A. F. de Fourcroy) Harnstoff im Tierharn nach und berichtete im Jahr 1800 darüber. Er wies außerdem nach, dass die von Rouelle gefundene Substanz identisch war mit einer Substanz, die Carl Wilhelm Scheele durch die Behandlung von Urin mit konzentrierter Salpetersäure erhalten hatte, und nannte die Substanz Harnstoff. 1812 stellte der Zoologe John Davy, ohne zu wissen um was es sich bei dem Reaktionsprodukt handelte, aus Phosgen und Ammoniak künstlichen Harnstoff her. William Prout bestimmte 1817 die chemische Zusammensetzung von Harnstoff.
Friedrich Wöhler stellte Harnstoff erstmals 1828 durch die Reaktionen von Silbercyanat (AgOCN) und Ammoniumchlorid (NH4Cl)
beziehungsweise von Bleicyanat (Pb(OCN)2) und flüssigem Ammoniak her.
Die Zwischenverbindung Ammoniumcyanat (NH4OCN) erkannte er dabei als die eigentliche Harnstoffquelle.
Harnstoff gilt als die erste aus anorganischen Ausgangsstoffen synthetisierte organische Verbindung. Das widersprach der damals verbreiteten Vorstellung, dass organische Substanzen grundsätzlich nur von Lebewesen durch die so genannte vis vitalis (Lebenskraft) hergestellt werden könnten. Genau genommen erbrachte Wöhler bereits 1824 durch die Hydrolyse von Dicyan zu Oxalsäure den Nachweis, dass es für die Synthese organischer Moleküle nicht der „Lebenskraft“ bedarf.
Im Jahr 1868 beschrieb Alexander Basaroff erstmals die kommerziell anwendbare Herstellung von Harnstoff aus Ammoniumcarbamat, welches unter Druck aus Ammoniak und Kohlenstoffdioxid zugänglich ist.
Die großtechnische Realisierung dieses Verfahrens gelang Carl Bosch im Jahr 1922, nachdem Ammoniak in großen Mengen durch das Haber-Bosch-Verfahren sowie die erforderliche Hochdrucktechnik zur Verfügung stand. Mit dem weltweiten Bau von Haber-Bosch-Anlagen nach dem Zweiten Weltkrieg stieg die Produktion von Harnstoff parallel zur Produktion von Ammoniak rasch an.