L'empreinte épigénétique comme preuve d'origine pour le poulet, les crevettes et le saumon
Poulets bio élevés en plein air ou en batterie ? Des scientifiques du Centre allemand de recherche sur le cancer (DKFZ) ont mis au point une nouvelle méthode de détection qui permet de déceler de telles différences d'élevage. La méthode dite épigénétique repose sur l'analyse des modèles caractéristiques de marques chimiques sur le patrimoine génétique des animaux.
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Le saumon que vous allez manger avec vos amis a-t-il vraiment été pêché dans la nature ou ne provient-il pas de l'aquaculture ? Que faut-il penser de la prétendue "qualité bio" des crevettes pour la salade de fruits de mer ? Et le poulet pour le rôti du dimanche a-t-il vraiment pu passer sa vie en plein air ?
Les laboratoires d'analyse alimentaire ne peuvent répondre à ces questions que de manière limitée. De plus, cela nécessite généralement des analyses complexes qui doivent combiner plusieurs tests. Une équipe dirigée par Frank Lyko du DKFZ, en collaboration avec des collègues de l'entreprise chimique Evonik, présente aujourd'hui une solution peut-être plus simple. Leur nouvelle approche : analyser l'empreinte digitale caractéristique des marqueurs chimiques sur le patrimoine génétique des animaux.
"La question de l'origine des aliments devient de plus en plus un argument d'achat pour les consommateurs - surtout lorsqu'il s'agit de produits animaux et donc du bien-être animal", explique Lyko. "Nous avons maintenant établi une méthode de détection étonnamment sensible qui reproduit un grand nombre des facteurs environnementaux pertinents pour le bien-être des animaux".
Notre patrimoine génétique, l'ADN, est recouvert de millions de marqueurs chimiques. Il s'agit de ce que l'on appelle des groupes méthyle, qui exercent des fonctions biologiques importantes. Ils déterminent quels gènes sont lus dans la cellule et traduits en protéines.
Contrairement à la séquence des éléments constitutifs de l'ADN qui reste stable tout au long de la vie, les marqueurs méthyles peuvent être réattachés ou retirés. Cela se fait en fonction des exigences biologiques. Ainsi, chez l'homme, le modèle de méthyle, appelé "méthylome", se modifie au cours de maladies ou au fil de l'âge. L'ensemble de ces éléments de contrôle réversibles du patrimoine génétique est appelé épigénétique.
L'influence des facteurs environnementaux sur le méthylome n'est pas toujours facile à démontrer. Le laboratoire de Frank Lyko au DKFZ a trouvé dans l'écrevisse marbrée un organisme modèle idéal pour réunir une expertise complète sur cette question : "Toutes les écrevisses marbrées ont un patrimoine génétique identique, elles constituent donc un seul clone. Par conséquent, l'étude des modifications environnementales du modèle de méthylation n'est pas faussée par des facteurs génétiques divergents", explique le biologiste Lyko.
Pour l'analyse du méthylome, les chercheurs utilisent une technique spéciale de séquençage de l'ADN qui leur permet d'identifier chaque élément d'ADN méthylé. Lyko et ses collègues ont ainsi pu identifier clairement des populations d'écrevisses marbrées provenant de différentes régions du monde. Ils sont parvenus à distinguer les animaux issus d'eaux propres ou eutrophes de ceux élevés en laboratoire. Les chercheurs ont également pu suivre l'évolution dans le temps de l'adaptation du modèle de méthylation lors du passage entre deux formes d'élevage.
Encouragée par ces résultats clairs, l'équipe a étendu avec succès les analyses du méthylome aux animaux qui font partie du régime alimentaire de l'homme. Ils ont mené ce projet en collaboration avec des collègues d'Evonik.
Les chercheurs ont pu distinguer des crevettes provenant de différents élevages. Le méthylome des saumons issus de rivières à courant lent diffère de celui de leurs congénères vivant dans des torrents de montagne. Chez les poulets, le mode d'élevage et la nourriture qu'ils reçoivent ont un impact sur le modèle de méthylation. "L'environnement et les conditions de vie laissent une empreinte spécifique dans le méthylome de tous les organismes étudiés. Celle-ci est différente chez un poulet élevé en plein air et chez un poulet élevé en batterie dans un poulailler", explique Frank Lyko.
"En tant que biomarqueur important, les empreintes méthyliques pourraient élargir les possibilités d'analyse des aliments", explique Sina Tönges, chercheuse au DKFZ. "Cependant, le séquençage tel que nous l'avons utilisé dans cette étude est un procédé complexe qui ne peut pas être réalisé de manière routinière dans l'analyse des aliments. C'est pourquoi nous travaillons avec Evonik à la mise au point d'un système de test pour l'empreinte méthylomique qui pourrait également faire son entrée à grande échelle dans les laboratoires".
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Allemand peut être trouvé ici.
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