Nach dem Pressen ist der Apfelsaft immer naturtrüb, d. h. fruchtfleischhaltig. Zentrifugiert und gefiltert erhält man den klaren Apfelsaft. Früher haben manche Hersteller zur Klärung des Apfelsafts Gelatine eingesetzt, die nicht deklarationspflichtig ist, weil sie vor der Abfüllung vollständig entfernt wird. 2015 wurde in Deutschland die Fruchtsaft- und Erfrischungsgetränkeverordnung geändert, so dass auch pflanzliche Proteine zur Klärung zulässig sind. Damit kann klarer Apfelsaft auch von Konsumenten getrunken werden, die die Verwendung von Gelatine wegen der tierischen Herkunft ablehnen. Die Varianten – naturtrüb, trüb und klar – werden zum Beispiel durch Pasteurisation haltbar gemacht. Dabei wird der Saft in der industriellen Herstellung kurz auf ca. 78 °C erhitzt, um Mikroorganismen abzutöten und somit die Gärung zu verhindern. Bei eigener Herstellung empfiehlt sich wegen der ungünstigeren hygienischen Voraussetzungen das Pasteurisieren bei einer etwas höheren Temperatur und längeren Einwirkungsdauer (etwa einige Minuten bei ca. 84 °C). Da der naturtrübe Apfelsaft nicht gefiltert wird, befinden sich in ihm Schwebstoffe. Da sie schwerer sind als Wasser, können sie sich im Laufe der Zeit am Boden absetzen und sollen vor dem Trinken aufgeschüttelt werden. Aufgrund der in den Schwebstoffen enthaltenen Antioxidantien – es handelt sich hauptsächlich um Polyphenole – enthält naturtrüber Apfelsaft mehr sekundäre Pflanzenstoffe als gefilterter Saft.
In Tierversuchen entwickelten Mäuse und Ratten, denen Apfelsaft verabreicht wurde, bis zu 50 % weniger Tumoren, als die Vergleichsgruppe ohne die Apfelsaftgaben. Der trübe Apfelsaft war in diesen Versuchen wirksamer als der klare. Vermutlich sind hier die Procyanidine, die in trübem Apfelsaft in hoher Konzentration enthalten sind, die Ursache.
