1879 isolierte der englische Chemiker Alexander Wynter Blyth eine wasserlösliche, gelb-grünlich fluoreszierende Verbindung aus Milch, die er „Lactochrom“ bezeichnete. Blyth war aber nicht in der Lage, dessen Struktur aufzuklären oder weitere chemische Eigenschaften zu bestimmen.
In den 1910er und 1920er Jahren wurden verschiedene essentielle Stoffe, insbesondere die in Milch, in Fütterungsstudien an Tieren durch Frederick Gowland Hopkins, Elmer McCollum, Marguerite Davis und Cornelia Kennedy untersucht. Hierbei nahm McCollum an, dass Nahrungsmittel einen fettlöslichen Faktor A (z. B. in Butterfett, Eigelb und Fischöl) und einen wasserlöslichen Faktor B (in Milch, Eigelb oder Getreidekeim) enthält. Zur ähnlichen Zeit hatte der Mediziner Joseph Goldberger bei der Untersuchung der Krankheit Pellagra herausgefunden, dass insbesondere eine Supplementation von Eiern, Milch und Fleisch diese heilen und verhindern konnte. Er postulierte 1927, dass dieser Pellagra-verhindernde Faktor derselbe sei, der von McCollum als der „wasserlösliche Faktor B“ identifiziert wurde – tatsächlich handelt es sich aber um Vitamin B3.
Hariette Chick und Margaret Honora Roscoe schlugen 1927 vor, dass jener wasserlösliche Faktor B in Wirklichkeit aus mindestens zwei Faktoren bestand: das antineuritische (Beriberi-verhindernde) Vitamin B1 sowie das ebenfalls wasserlösliche Vitamin B2. In den 1930er Jahren untersuchte Paul Gyorgy den Vitamin B-Komplex bei Ratten. Hierbei nahm er zunächst an, dass dieser aus den Vitaminen B1 (der antineuritische Faktor), B4 (das Koordinationsverluste und Ataxien verhinderte) sowie das Pellegra-verhindernde B2. Jedoch vermutete er auch 1932, dass sich „B2“ in zwei weitere Faktoren aufteilen müsse: ein Faktor, der Pellegra verhindert und einer, der hauptsächlich das Wachstum förderte. Richard Kuhn gelang 1933 die Isolation aus Milch („Lactoflavin“), es hatte dieselben Charakteristika wie von Blyth isolierte Lactochrom. Das aus Eiklar isolierte Riboflavin wurde analog als „Ovoflavin“ (auch „Ovaflavin“), das aus der Leber als „Hepatoflavin“ bezeichnet.
Die Struktur des Riboflavins wurde schließlich 1934/35 unabhängig durch Kuhn und Paul Karrer aufgeklärt; bei Lactoflavin, Ovoflavin und Hepatoflavin handelte es sich um dieselbe Substanz. Zudem konnten Gyorgy, Thomas William Birch und Leslie Julius Harris (unabhängig von der Arbeitsgruppe um Conrad Elvehjem) 1935 zeigen, dass der Pellegra-verhindernde Faktor sich tatsächlich von Riboflavin unterschied. Der Name „Riboflavin“ wurde 1937 vorgeschlagen und auch angenommen. Vorher war Riboflavin auch unter der Bezeichnung „Vitamin G“ aufgrund seiner grünlich fluoreszierenden Eigenschaften unter UV-Licht bekannt.
Weitere Arbeiten von William Henry Sebrell und Roy Edwin Butler bestätigten 1939 die essentielle Natur Riboflavins.