Chardonnay ist eine natürliche Kreuzung von Gouais Blanc (= Heunisch) und Pinot. Da die genetischen Unterschiede zwischen Pinot Blanc, Pinot Gris und Pinot Noir gering sind, liegt eine genaue Spezifizierung des Pinot-Typs noch nicht vor.
Als Ursprungsgebiet gilt heute das Burgund. Dort gibt es eine kleine Gemeinde mit dem Namen „Chardonnay“, einer von chardon (Französisch für „Distel“) abgeleiteten Ortsbezeichnung. Der Ort war Namensgeber für die Sorte, deren Name auf der Weinbauausstellung 1872 in Lyon festgelegt wurde.
Der früheren Annahme, dass die Sorte von den Kreuzrittern nach Frankreich und von den Benediktinern in die Burgund gebracht und verbreitet wurde, steht entgegen, dass es sich nachweislich um eine natürliche Kreuzung von Pinot und der damals auch schon in Burgund vorhandenen Sorte „Heunisch“, handelt. Die DNA-Untersuchungsergebnisse lassen als Entstehungsort nur Burgund zu.
Die Sorte wurde im Jahre 1583 erstmals unter dem Synonym Beaunois im Departement Saône-et-Loire erwähnt. Die Angabe ist aber nicht sicher, da eventuell die Sorte Aligoté gemeint war. Die früheste zuverlässige Erwähnung von Chardonnay stammt von 1685–1690 aus dem Dorf Saint-Sorlin, dem heutigen La Roche-Vineuse im Département Saône-et-Loire, wo er Chardonnet genannt wurde.
Die Orden der Benediktiner und Zisterzienser verbreiteten die Sorte in ganz Europa.
Klone
Schon in der zweiten Hälfte des vorigen Jahrhunderts wurde in Frankreich und später in anderen Ländern mit der Klonenselektion begonnen. Heute steht dem Winzer ein weites Spektrum an Klonen zur Verfügung.
Mutationen
Die Sorte gehört zur Gruppe der Burgundersorten und von diesen ist bekannt, dass sehr häufig Mutationen auftreten. Das gilt auch für Kreuzungen mit Pinot.
Chardonnay Blanc Musque: Eine Mutation vom Chardonnay aus Frankreich. Synonyme: Chardonnay Musque, Chaudenet, Giboudot Blanc, Griset Blanc, Plant Gris, Troyen Blanc. Besitzt ein vordergründiges Muskataroma.
Chardonnay Rose: Farbmutationen sind in Frankreich, Oberitalien (Venetien) und Deutschland (Bergstraße) gefunden worden. Die in Deutschland gefundene Variante wird von der Universität in Geisenheim bearbeitet und ist zum Sortenschutz angemeldet. 2010 wurde bereits ein Weingarten ausgepflanzt. Die Unterschiede von „Chardonnay“ zu „Chardonnay Rose“ sind vergleichbar mit „Weißem Riesling“ zu „Rotem Riesling“.
Chardonnay Blanc Seedless: Ein kernloser Chardonnay aus Australien.