Für den Käsekuchen mit Boden wird zunächst der Boden aus Mürbeteig oder Hefefeinteig hergestellt, dann die Quarkfüllung darüber gegossen und der Kuchen gebacken.
Eine vereinfachte Variante des Käsekuchens ist der bodenlose. Hierbei werden einfach die Zutaten der Quarkmasse mit Weichweizengrieß oder Maisgrieß zusammengerührt und gebacken.